Ikan yu paus pada kebiasaannya menetap di jaringan perairan yang beriklim tropika dan dan lautan bersuhu panas. Asasnya di pelagic, kawasan pemakanan yang terletak di selatan dan timur Afrika Selatan; Gladden Spit di Belize; Terumbu Karang Ningaloo di Australia Barat; Útila di Honduras; Donsol, Pasacao dan Batangas di Filipina; luar pesisir pantai Isla Mujeres dan Isla Holbox di Yucatan Mexico; Pulau Tenggol; luar pantai Terengganu, Malaysia, Taman Negara Ujung Kulon di Indonesia; Nosy Be di Madagascar, luar pantai Terumbu Karang Tofo berdekatan Inhambane di Mozambique, dan Kepulauan Tanzania di Pulau Mafia, Pemba, Zanzibar; Kepulauan Seychelles, Maldives, Sri Lanka, Pulau Galapagos, Laut Merah, perairan pantai Yemen dan Oman dan, amat jarang kelihatan di, Eilat, Israel. Malah ikan ini juga boleh dilihat dikebanyakan pantai tropika yang berhampiran dengan daratan, berhampiran lagun, dan atol terumbu karang, juga dapat dilihat di kawasa muara sungai yang bersih, jernih dan dalam. Kedalaman terbaik untuk ia mudah berenang adalah sekitar kedalaman latitud ±30° (30 meter dalam). Ikan ini boleh berenang sehingga 700 meter (2,300 ka) dalam, dan ia suka berhijrah dan bermigrasi.[3]